Thông tư 99/2025/TT-BTC đánh dấu bước chuyển quan trọng trong tư duy quản lý kế toán doanh nghiệp, hướng tới tự chủ, minh bạch và tiệm cận chuẩn mực báo cáo tài chính quốc tế. So với Thông tư 200/2014/TT-BTC, văn bản mới không chỉ thay đổi kỹ thuật kế toán mà còn tác động sâu rộng đến cách doanh nghiệp tổ chức hệ thống tài chính, kiểm soát nội bộ và ra quyết định quản trị.

Bối cảnh ban hành Thông tư 99/2025/TT-BTC

Thông tư 99/2025/TT-BTC được Bộ Tài chính ban hành ngày 27/10/2025, chính thức thay thế Thông tư 200/2014/TT-BTC sau hơn 10 năm áp dụng. Trong giai đoạn trước, Thông tư 200 đóng vai trò nền tảng cho hệ thống kế toán doanh nghiệp Việt Nam, nhưng dần bộc lộ hạn chế khi môi trường kinh doanh ngày càng phức tạp và hội nhập sâu.

Sự ra đời của Thông tư 99 phản ánh nhu cầu hiện đại hóa hệ thống kế toán, chuyển trọng tâm từ tuân thủ hình thức sang phản ánh bản chất kinh tế. Đây cũng là bước chuẩn bị quan trọng để doanh nghiệp Việt Nam tiếp cận IFRS một cách thực chất, thay vì chỉ điều chỉnh mang tính kỹ thuật.

Các điểm mới trọng yếu của Thông tư 99/2025/TT-BTC

Quyền tự chủ và trách nhiệm được đặt lên hàng đầu

Một thay đổi mang tính đột phá của Thông tư 99 là việc trao quyền tự chủ rộng hơn cho doanh nghiệp trong tổ chức hệ thống kế toán. Cơ chế “xin – cho” khi điều chỉnh tài khoản, chứng từ hay biểu mẫu báo cáo tài chính đã được loại bỏ. Doanh nghiệp được quyền thiết kế hệ thống phù hợp với mô hình quản trị và đặc thù hoạt động.

Tuy nhiên, quyền tự chủ này đi kèm trách nhiệm giải trình. Doanh nghiệp bắt buộc phải ban hành quy chế hạch toán kế toán nội bộ làm cơ sở thực hiện. Điều này buộc kế toán không chỉ “làm đúng mẫu” mà phải hiểu sâu bản chất nghiệp vụ và logic hệ thống.

Kiểm soát nội bộ trở thành yêu cầu pháp lý

Lần đầu tiên, kiểm soát nội bộ được quy định rõ là nghĩa vụ bắt buộc trong văn bản hướng dẫn chế độ kế toán. Thông tư 99 nhấn mạnh trách nhiệm phân định rõ ràng giữa các chức danh, đặc biệt là vai trò của người đại diện pháp luật và kế toán trưởng.

Quy định này thay đổi cách nhìn truyền thống, khi trước đây nhiều doanh nghiệp xem kiểm soát nội bộ chỉ là thông lệ tốt. Giờ đây, việc thiếu quy chế hoặc tổ chức kiểm soát nội bộ không đầy đủ có thể trở thành rủi ro pháp lý thực sự.

Hệ thống báo cáo tài chính tiệm cận IFRS

Thông tư 99 điều chỉnh mạnh mẽ cấu trúc báo cáo tài chính. Thuật ngữ “Bảng cân đối kế toán” được thay thế bằng “Báo cáo tình hình tài chính”, phản ánh cách tiếp cận phổ biến của IFRS. Các chỉ tiêu mới như thu nhập toàn diện khác giúp người đọc hiểu rõ hơn sự biến động giá trị kinh tế của doanh nghiệp.

Đáng chú ý, Thông tư 99 còn ban hành bộ báo cáo riêng cho doanh nghiệp không đáp ứng giả định hoạt động liên tục, như đang giải thể hoặc phá sản. Đây là điểm tiến bộ so với Thông tư 200, vốn áp dụng một khuôn mẫu chung cho mọi trường hợp.

Linh hoạt hơn về đơn vị tiền tệ và tỷ giá

Theo Thông tư 99 bộ tài chính, doanh nghiệp đủ điều kiện có thể lựa chọn ngoại tệ làm đơn vị tiền tệ kế toán mà không cần xin phép. Thay vào đó, doanh nghiệp chỉ cần thông báo và công bố rõ căn cứ lựa chọn.

Quy định mới cũng làm rõ cách xử lý chênh lệch tỷ giá và quy đổi báo cáo khi nộp cho cơ quan quản lý bằng đồng Việt Nam. Điều này đặc biệt quan trọng với doanh nghiệp FDI và các đơn vị có giao dịch ngoại tệ thường xuyên.

Thúc đẩy số hóa và công nghệ kế toán

Thông tư 99 chính thức công nhận đầy đủ giá trị pháp lý của chứng từ điện tử, đồng thời đặt ra yêu cầu cao hơn đối với phần mềm kế toán. Hệ thống phải đảm bảo tính bảo mật, truy vết và ngăn chặn can thiệp trái phép vào dữ liệu kế toán.

Xu hướng này phù hợp với quá trình chuyển đổi số kế toán, giúp kế toán không chỉ là người ghi chép mà còn là người quản lý dữ liệu tài chính có giá trị chiến lược.

Sự khác biệt giữa Thông tư 99/2025/TT-BTC và Thông tư 200/2014/TT-BTC

Lộ trình áp dụng và lưu ý khi chuyển đổi

Thông tư 99/2025/TT-BTC chính thức áp dụng từ ngày 01/01/2026 cho các năm tài chính bắt đầu từ thời điểm này. Doanh nghiệp có năm tài chính lệch vẫn tiếp tục áp dụng Thông tư 200 cho đến hết kỳ hiện tại.

Trong quá trình chuyển đổi, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý việc chuyển số dư các tài khoản bị bãi bỏ hoặc thay đổi. Việc tái phân loại các khoản mục đầu tư, nợ phải trả theo bản chất ngắn hạn và dài hạn mới cũng đòi hỏi sự rà soát kỹ lưỡng.

Song song đó, việc ban hành quy chế hạch toán kế toán nội bộ và quy trình kiểm soát nội bộ cần được thực hiện trước thời điểm áp dụng chính thức để tránh gián đoạn vận hành.

Tác động thực tiễn đối với doanh nghiệp

Thông tư 99 không chỉ là thay đổi kỹ thuật kế toán mà còn tác động trực tiếp đến cách doanh nghiệp quản trị tài chính. Kế toán từ vai trò ghi chép tuân thủ chuyển sang vai trò cung cấp thông tin quản trị có chiều sâu.

Với các nội dung liên quan đến thông tư 99 về hoàn thuế, doanh nghiệp cần hiểu rõ bản chất giao dịch, doanh thu và chi phí để tránh rủi ro khi cơ quan thuế đánh giá lại số liệu dựa trên nguyên tắc kiểm soát thay vì hình thức.

Thông tư 99/2025/TT-BTC là bước chuyển từ “kế toán tuân thủ” sang “kế toán quản trị và minh bạch”. Doanh nghiệp cần chuẩn bị sớm về nhân sự, công nghệ và quy chế nội bộ để thích ứng hiệu quả, tránh rủi ro và tận dụng lợi ích từ khung pháp lý mới.

Đừng để Thông tư 99/2025/TT-BTC trở thành rủi ro khi chuyển đổi. Hãy để đội ngũ chuyên gia CAF Việt Nam đồng hành cùng doanh nghiệp bạn rà soát hệ thống kế toán, xây dựng quy chế hạch toán, kiểm soát nội bộ và chuẩn hóa báo cáo tài chính theo quy định mới. Liên hệ ngay để được tư vấn lộ trình áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC phù hợp, an toàn và hiệu quả cho doanh nghiệp.