Thông tư 91/2026 là văn bản pháp lý quan trọng mà mọi doanh nghiệp, hộ kinh doanh cần nắm rõ trước khi bước sang quý III năm 2026. Văn bản quy định lại quy trình đăng ký, xử lý sai sót và lưu trữ hóa đơn điện tử, đồng thời bổ sung yêu cầu mới về định dạng dữ liệu và xác thực danh tính người đại diện doanh nghiệp. Bài viết tổng hợp những nội dung cốt lõi giúp người nộp thuế tra cứu và áp dụng đúng quy định.

Tổng quan về Thông tư 91/2026/TT-BTC

Thông tư số 91/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành ngày 30/06/2026 và chính thức có hiệu lực từ ngày 01/07/2026. Đây là văn bản thay thế hoàn toàn Thông tư số 32/2025/TT-BTC ban hành ngày 31/5/2025, nhằm hướng dẫn chi tiết Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ điện tử.

So với văn bản cũ, điểm mới Thông tư 91/2026 nằm ở việc siết chặt quy trình xác minh thông tin người đại diện pháp luật, đồng thời chuẩn hóa lại toàn bộ hệ thống biểu mẫu và định dạng dữ liệu. Vì thời điểm hiệu lực đã cận kề, doanh nghiệp nên chủ động tra cứu Thông tư 91/2026/TT-BTC sớm để có thời gian điều chỉnh hệ thống kế toán và quy trình nội bộ cho phù hợp.

Đọc thêm: Cập nhật quy định thuế mới 2025 – 2026 & chiến lược thích ứng

Hệ thống phụ lục biểu mẫu và định dạng bắt buộc

Thông tư 91/2026/TT-BTC ban hành kèm theo năm phụ lục, đóng vai trò là căn cứ kỹ thuật để doanh nghiệp và đơn vị cung cấp phần mềm triển khai đúng chuẩn. Bốn phụ lục đầu tiên, từ Phụ lục I đến Phụ lục IV, quy định các biểu mẫu, hồ sơ, ký hiệu mẫu số và định dạng dữ liệu XML bắt buộc áp dụng khi lập và truyền hóa đơn điện tử lên hệ thống cơ quan thuế. Đây là phần nội dung mà bộ phận kế toán và đơn vị phát triển phần mềm cần đối chiếu kỹ để tránh sai lệch dữ liệu khi gửi.

Riêng Phụ lục V chỉ mang tính chất tham khảo, thể hiện các mẫu hiển thị hóa đơn và chứng từ, doanh nghiệp không bắt buộc phải trình bày hóa đơn đúng y hệt mẫu này miễn là đảm bảo đầy đủ nội dung theo quy định. Việc phân biệt rõ phụ lục bắt buộc và phụ lục tham khảo giúp người nộp thuế tránh nhầm lẫn khi tra cứu Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Tìm hiểu thêm: Cập nhật luật thuế thu nhập doanh nghiệp và những thay đổi quan trọng

Quy trình và cách xử lý khi thông tin không khớp xác thực sinh trắc học hóa đơn điện tử

Một trong những điểm mới Thông tư 91/2026 được nhiều doanh nghiệp quan tâm là quy trình xác thực sinh trắc học hóa đơn điện tử 2026 áp dụng cho người đại diện pháp luật khi đăng ký sử dụng hóa đơn. Theo quy định, trong vòng một ngày làm việc kể từ khi tiếp nhận hồ sơ, hệ thống sẽ tự động đối chiếu thông tin người đại diện, bao gồm cả dữ liệu sinh trắc học, với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư.

Nếu quá trình đối chiếu phát hiện thông tin không khớp, hệ thống sẽ tự động gửi thông báo từ chối chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn cho người nộp thuế. Thông báo này nêu rõ những trường thông tin chưa phù hợp để doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh và kê khai lại cho chính xác trước khi nộp lại hồ sơ.

Ngược lại, trường hợp thông tin khớp đúng, người nộp thuế vẫn cần thực hiện thêm một bước xác nhận qua email hoặc số điện thoại đã đăng ký. Việc xác nhận này cần hoàn tất ngay trong ngày hoặc chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo, nếu không hồ sơ đăng ký có thể bị coi là chưa hoàn tất. Đây là quy định mới đòi hỏi doanh nghiệp phải theo dõi sát email và điện thoại đã đăng ký trong giai đoạn làm thủ tục.

Xem thêm: Giải pháp kiểm toán nội bộ kiểm soát rủi ro

Hướng dẫn xử lý hóa đơn sai sót Thông tư 91

Thông tư 91/2026/TT-BTC đã bổ sung và làm rõ quy trình xử lý hóa đơn điện tử có sai sót nhằm thống nhất cách thực hiện giữa doanh nghiệp và cơ quan thuế. So với quy định trước đây, điểm thay đổi đáng chú ý là yêu cầu về văn bản thỏa thuận giữa người bán và người mua trong một số trường hợp điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn, giúp tăng tính minh bạch và đảm bảo đầy đủ căn cứ pháp lý khi phát sinh sai sót.

Khi nào phải xử lý hóa đơn điện tử có sai sót?

Trong quá trình lập và phát hành hóa đơn điện tử, doanh nghiệp có thể phát hiện các sai sót liên quan đến những thông tin quan trọng như:

• Mã số thuế của người mua hoặc người bán.

• Tên, địa chỉ của người mua.

• Giá trị hàng hóa, dịch vụ.

• Đơn giá, số lượng hoặc thành tiền.

• Thuế suất thuế GTGT.

• Tiền thuế GTGT.

• Tổng giá trị thanh toán hoặc các nội dung ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế.

Khi phát hiện các sai sót trên sau khi hóa đơn đã được lập và gửi cho người mua, doanh nghiệp phải lựa chọn một trong hai phương án xử lý theo quy định là lập hóa đơn điều chỉnh hoặc lập hóa đơn thay thế, tùy thuộc vào từng trường hợp cụ thể.

Trường hợp bắt buộc phải lập văn bản thỏa thuận

Một trong những điểm mới quan trọng của Thông tư 91 là quy định về văn bản thỏa thuận xử lý hóa đơn sai sót.

Nếu người mua là tổ chức kinh tế, hộ kinh doanh hoặc cá nhân kinh doanh, khi người bán lựa chọn phương án điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử có sai sót thì hai bên bắt buộc phải lập văn bản thỏa thuận trước khi phát hành hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế.

Việc bổ sung quy định này nhằm bảo đảm cả người bán và người mua đều thống nhất về nội dung sai sót cũng như phương án xử lý, từ đó hạn chế tranh chấp hoặc khác biệt dữ liệu khi cơ quan thuế kiểm tra, đối chiếu.

Nội dung cần có trong văn bản thỏa thuận

Văn bản thỏa thuận không chỉ mang tính hình thức mà còn là căn cứ pháp lý quan trọng phục vụ công tác quản lý thuế.

Thông thường, văn bản cần thể hiện đầy đủ các nội dung như:

• Thông tin của người bán và người mua.

• Số, ký hiệu và ngày lập của hóa đơn phát sinh sai sót.

• Mô tả rõ nội dung sai sót được phát hiện.

• Phương án xử lý mà hai bên thống nhất (điều chỉnh hoặc thay thế).

• Cam kết của các bên về tính chính xác của thông tin điều chỉnh.

• Chữ ký hoặc xác nhận theo quy định của các bên liên quan.

Sau khi hoàn tất, người bán có trách nhiệm lưu giữ văn bản này cùng hồ sơ hóa đơn để xuất trình khi cơ quan thuế yêu cầu thanh tra, kiểm tra hoặc đối chiếu dữ liệu.

Thực hiện lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế

Sau khi hai bên thống nhất bằng văn bản, người bán sẽ thực hiện lập hóa đơn điện tử theo phương án đã lựa chọn.

Hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế phải thể hiện đầy đủ các nội dung theo quy định của Thông tư 91 và bảo đảm liên kết với hóa đơn gốc phát sinh sai sót để cơ quan thuế có thể theo dõi toàn bộ quá trình xử lý.

Doanh nghiệp cần lưu ý việc lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế phải được thực hiện đúng thời điểm và đúng quy trình nhằm tránh phát sinh sai lệch dữ liệu giữa hệ thống kế toán và cơ sở dữ liệu hóa đơn điện tử của cơ quan thuế.

Có phải sử dụng Mẫu 04/SS-HĐĐT không?

Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp vẫn quen sử dụng Mẫu 04/SS-HĐĐT để thông báo hóa đơn điện tử có sai sót đến cơ quan thuế.

Tùy từng trường hợp theo quy định, mẫu thông báo này có thể được sử dụng song song với văn bản thỏa thuận giữa người bán và người mua, nhằm bảo đảm việc xử lý sai sót được ghi nhận đầy đủ trên hệ thống quản lý hóa đơn điện tử.

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ chức năng của từng loại hồ sơ:

• Văn bản thỏa thuận là tài liệu xác nhận giữa người bán và người mua về nội dung sai sót và phương án xử lý.
  Mẫu 04/SS-HĐĐT là hồ sơ phục vụ việc thông báo với cơ quan thuế trong các trường hợp thuộc diện phải thực hiện theo quy định.

• Việc chuẩn bị đầy đủ cả hai loại hồ sơ (nếu thuộc trường hợp áp dụng) sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra sau này.

Trường hợp người mua là cá nhân được đơn giản hóa thủ tục

Đối với trường hợp người mua là cá nhân không kinh doanh, Thông tư 91 đã đơn giản hóa đáng kể quy trình xử lý.

Theo đó, người bán không bắt buộc phải lập văn bản thỏa thuận như đối với doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh.

Thay vào đó, người bán chỉ cần thực hiện một trong các hình thức sau:

Thông báo trực tiếp cho người mua về nội dung sai sót và việc xử lý hóa đơn; hoặc
Công khai thông tin xử lý hóa đơn sai sót trên website hoặc phương tiện thông tin của doanh nghiệp (nếu có).

Quy định này giúp giảm bớt thủ tục hành chính đối với các giao dịch bán lẻ, đồng thời vẫn bảo đảm người mua được biết và theo dõi quá trình điều chỉnh hóa đơn khi cần thiết.

Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi xử lý hóa đơn sai sót?

Để hạn chế các rủi ro về thuế và đảm bảo dữ liệu hóa đơn luôn chính xác, doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ đối với việc xử lý hóa đơn điện tử, bao gồm:

• Phát hiện và xử lý sai sót ngay khi phát sinh.

• Xác định đúng trường hợp điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn.

• Lập đầy đủ văn bản thỏa thuận khi thuộc trường hợp bắt buộc.

• Thực hiện đúng quy trình thông báo với cơ quan thuế nếu pháp luật yêu cầu.

• Lưu trữ toàn bộ hồ sơ xử lý hóa đơn cùng chứng từ liên quan để phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra và đối chiếu sau này.

Việc tuân thủ đầy đủ quy định của Thông tư 91/2026/TT-BTC sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro về kê khai thuế, tránh bị xử phạt vi phạm hành chính và đảm bảo tính minh bạch trong quá trình quản lý hóa đơn điện tử.

Trong nhiều trường hợp, hành vi này còn liên quan đến các cấu trúc giao dịch phức tạp, có thể tham khảo thêm trong giao dịch liên kết là gì? Quy định và rủi ro doanh nghiệp cần biết 2026.

Những trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử và tiêu chí rủi ro cao về thuế cần lưu ý

1. Doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý các trường hợp bị ngừng sử dụng hóa đơn điện tử

Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định 11 trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, đây là căn cứ để cơ quan thuế tạm dừng quyền phát hành hóa đơn của doanh nghiệp khi phát hiện các dấu hiệu vi phạm hoặc không còn đáp ứng điều kiện sử dụng.

Việc bị ngừng sử dụng hóa đơn điện tử có thể ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động bán hàng, cung cấp dịch vụ và nghĩa vụ kê khai thuế của doanh nghiệp. Do đó, doanh nghiệp cần thường xuyên theo dõi thông báo từ cơ quan thuế để kịp thời xử lý khi phát sinh các trường hợp thuộc diện tạm ngừng.

2. Cơ quan thuế áp dụng 5 tiêu chí rủi ro cao để giám sát doanh nghiệp

Bên cạnh các quy định về đăng ký và quản lý hóa đơn, Thông tư 91/2026/TT-BTC còn đưa ra 05 tiêu chí rủi ro cao về thuế nhằm hỗ trợ cơ quan thuế nhận diện các doanh nghiệp có dấu hiệu bất thường trong quá trình sử dụng hóa đơn điện tử.

Các tiêu chí này được sử dụng để phân tích dữ liệu, cảnh báo rủi ro và phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra thuế. Khi doanh nghiệp thuộc nhóm có mức độ rủi ro cao, cơ quan thuế có thể tăng cường giám sát hoặc yêu cầu giải trình, đối chiếu thông tin theo quy định.

3. Chủ động rà soát và xử lý ngay khi nhận được cảnh báo từ cơ quan thuế

Khi nhận được thông báo hoặc cảnh báo liên quan đến việc sử dụng hóa đơn điện tử, doanh nghiệp không nên chủ quan hoặc chờ đến kỳ thanh tra mới xử lý.

Việc rà soát nguyên nhân, cập nhật thông tin và khắc phục kịp thời sẽ giúp hạn chế nguy cơ bị tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, đồng thời tránh ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh và giao dịch với khách hàng, đối tác.

4. Tra cứu quy định chính thức trước khi áp dụng

Các quy định về 11 trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử và 05 tiêu chí rủi ro cao về thuế có nội dung chuyên môn tương đối phức tạp và có thể được hướng dẫn chi tiết hơn thông qua các công văn của cơ quan thuế trong từng giai đoạn.

Vì vậy, doanh nghiệp nên:

• Tra cứu toàn văn Thông tư 91/2026/TT-BTC để nắm đầy đủ quy định.

• Theo dõi các văn bản hướng dẫn mới của cơ quan thuế.

• Liên hệ trực tiếp cơ quan thuế quản lý hoặc đơn vị tư vấn chuyên môn khi phát sinh tình huống đặc biệt để được hướng dẫn phù hợp.

5. Xây dựng quy trình kiểm soát hóa đơn điện tử ngay từ nội bộ

Để giảm thiểu rủi ro, doanh nghiệp nên xây dựng quy trình quản lý hóa đơn điện tử chặt chẽ, bao gồm việc kiểm soát dữ liệu phát hành, rà soát thông tin người nộp thuế, theo dõi các thông báo từ cơ quan thuế và kiểm tra định kỳ tình trạng sử dụng hóa đơn.

Việc chủ động quản trị rủi ro sẽ giúp doanh nghiệp duy trì hoạt động phát hành hóa đơn liên tục, đáp ứng yêu cầu tuân thủ pháp luật và hạn chế các gián đoạn không mong muốn trong quá trình kinh doanh.

Lựa chọn phần mềm hóa đơn điện tử cập nhật Thông tư 91/2026/TT-BTC

Vì Thông tư 91/2026 thay đổi cả về chuẩn dữ liệu XML, ký hiệu mẫu số lẫn quy trình xác thực sinh trắc học, doanh nghiệp cần lựa chọn phần mềm hóa đơn điện tử đã cập nhật kịp thời các quy định mới thay vì chờ đến sát ngày hiệu lực mới điều chỉnh. Một phần mềm phù hợp cần đáp ứng được việc tự động cập nhật biểu mẫu, hỗ trợ đầy đủ nghiệp vụ điều chỉnh và thay thế hóa đơn, đồng thời kết nối ổn định với hệ thống của cơ quan thuế để tránh gián đoạn khi truyền nhận dữ liệu.

Trước khi ký hợp đồng sử dụng hoặc gia hạn dịch vụ, doanh nghiệp nên yêu cầu đơn vị cung cấp phần mềm xác nhận rõ ràng về khả năng đáp ứng chuẩn định dạng và thủ tục đăng ký mới theo Thông tư 91/2026/TT-BTC, cũng như thời gian dự kiến hoàn tất nâng cấp hệ thống trước ngày 01/07/2026.

Câu hỏi thường gặp và lời khuyên cho doanh nghiệp

1. Doanh nghiệp có phải đăng ký lại hóa đơn điện tử từ ngày 01/07/2026 không?
Không. Doanh nghiệp đã hoàn tất đăng ký hóa đơn điện tử trước đó không phải đăng ký lại, trừ trường hợp có thay đổi thông tin đã đăng ký theo quy định.

2. Khi nào doanh nghiệp phải cập nhật lại thông tin đăng ký hóa đơn?
Doanh nghiệp cần thực hiện cập nhật khi có thay đổi về người đại diện theo pháp luật hoặc các thông tin đăng ký hóa đơn điện tử khác theo quy định của cơ quan thuế.

3. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi Thông tư 91/2026 có hiệu lực?
Doanh nghiệp nên chủ động:

• Rà soát thông tin người đại diện theo pháp luật.

• Đối chiếu dữ liệu với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư.

• Kiểm tra và cập nhật phần mềm kế toán, phần mềm hóa đơn điện tử.Kiểm thử quy trình phát hành hóa đơn trước thời điểm áp dụng.

Để chuẩn bị tốt cho việc áp dụng Thông tư 91/2026, doanh nghiệp nên rà soát lại toàn bộ thông tin của người đại diện pháp luật, đảm bảo dữ liệu trùng khớp với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư, đồng thời chủ động cập nhật phần mềm kế toán và hóa đơn điện tử trước ngày hiệu lực. Việc chuẩn bị sớm sẽ giúp doanh nghiệp tránh được tình trạng gián đoạn phát hành hóa đơn khi quy định mới chính thức được áp dụng trên toàn quốc.

Tìm hiểu thêm: 

• Giải pháp kế toán thuế toàn diện cho doanh nghiệp

• Dịch vụ tư vấn tài chính và kế toán